S odchodem Pernštejnů ztratily Pardubice důležitý status rezidenčního města. Na zámku, který byl od té doby stále více upravován pouze v duchu komerčních zájmů panství, se usídlili úředníci panské správy a ztráta rezidenční funkce města se postupně začala projevovat v jeho podobě i hospodářském vývoji.
Hrozivou zkázu prodělaly Pardubice během třicetileté války, kdy se kvůli výhodné strategické poloze stávaly častým sídlem vojenských posádek. Navíc předměstí padla za oběť rozšiřovanému městskému opevnění, které sice roku 1645 odolalo obléhání generála Torstenssona, jenže město při švédském útoku lehlo popelem. Není divu, že během těchto válečných let ztratily Pardubice celou polovinu obyvatel.
Ani v následujících dvou stech letech se město nepřiblížilo slavné éře Pernštejnů, jeho význam a věhlas upadl, přestože při občasných příležitostných návštěvách vítalo i panovníky a dlouho rovněž bylo významnou pevností. Na druhé straně je však sužovaly války, což životu města nijak neprospělo.
Nového rozkvětu se Pardubice dočkaly až s příchodem železnice. Původní trasa z roku 1845, která tudy vedla z Olomouce do Prahy (mimochodem – na jejím vzniku se podílel i významný železniční odborník, pardubický občan ing. Jan Perner), nezůstala osamocena a další rozvoj železnice předznamenal postavení Pardubic coby významného dopravního uzlu, v čemž hrála důležitou roli výhodná poloha města v samém srdci Čech.
Krátce po zřízení železnice se v Pardubicích začal rozvíjet průmysl, který podnítil i rozvoj obchodu a dalších oblastí. Během několika desetiletí na přelomu 19. a 20. století patřily Pardubice k deseti městům s nejrychlejším přírůstkem obyvatel v zemi, čemuž samozřejmě odpovídal i rozmach společenského a kulturního života města.
Zdárný vývoj přerušila až první světová válka, ta však nakonec vyústila i ve vznik samostatného Československa, což Pardubicím přineslo nové perspektivy.